Škola respektuje ustanovení právních předpisů o vzdělávání žáků se speciálními vzdělávacími potřebami a podmínky vzdělávání žáků nadaných a mimořádně nadaných.
Poskytnout žákům kvalitní všeobecné středoškolské vzdělání. Vytvořit podmínky pro další vzdělávání, komunikaci mezi lidmi a uplatnění v životě.
Rozvíjet osobnost každého žáka, aby byl schopen samostatně myslet, svobodně se rozhodovat a projevovat se jako demokratický občan, to vše v souladu s obecně uznávanými životními a mravními hodnotami. Naučit žáky vyjadřovat svůj vlastní názor, formulovat ho, rozvíjet v nich zdravé sebevědomí.
Základním prostředkem k realizaci těchto cílů je plnění vzdělávacího programu, který je rozpracovaný tematickým plánem školy do jednotlivých předmětů.
Zohledňovat hlavní současné trendy současné školy, kterými jsou výuka cizích jazyků, ICT, přírodních věd a sebehodnocení žáků.
Podporovat zdravé sebevědomí žáků, jejich iniciativy, podněcovat je k rozvoji jejich osobnosti, vyzdvihovat jejich pozitivní výkony ve vyučování i mimo ně.
Mendelovo gymnázium v Opavě se může pyšnit titulem „Fakultní škola Přírodovědecké fakulty Univerzity Palackého v Olomouci“, který získala v roce 2007 nejprve na dobu 3 let, přičemž tento titul byl následně prodloužen, především díky aktivní propagaci přírodovědných oborů jako matematika, fyzika, biologie, chemie či zeměpis. Přírodovědecká fakulta UP v Olomouci má zájem o talentované studenty středních škol, kteří by se rádi dále vzdělávali ve svém preferovaném oboru, a to ve formě nejdříve bakalářského, později i navazujícího magisterského programu. Pro nejšikovnější studenty je zde i nabídka pokračování ve studiu v následném doktorském programu.
